Unmittelbar neben dem Ufer der Inn erhebt sich die Kirche St. Michael mit ihren beiden Türmen. Die ehemalige Jesuitenkirche ist heute neugierigen Besuchern zugänglich, dient zugleich als Studienkirche des Gymnasiums Leopoldinum, eine der ältesten Schulen Deutschlands, und auch als Nebenkirche der Dompfarrei.

Anstelle der ursprünglichen, bei einem Brand zerstörten Kirche wurde1677 das heutige Gotteshaus errichtet. Als klar gegliederte Anlage erhebt sie sich seitdem mit ihren zwei symmetrischen Türmen über Passau. In ihrem Inneren, das weitestgehend schlicht gehalten ist, fallen die opulenten Stuckaturen als fast einziger Schmuck besonders ins Auge. Der weiß getünchte und einfache Kirchenraum lenkt die Aufmerksamkeit so zudem auf die prächtigeren Ausstattungsstücke, die sich in dunklen Farben gut abheben.

Insgesamt sechs Seitenaltäre finden sich in St. Michael, allesamt aus dem Jahr 1678. Die Kanzel wurde Anfang des 18. Jahrhunderts erschaffen und ist mit ihrem schwarzen Holz und den goldenen Verzierungen ein wahrer Blickfang. Noch prachtvoller erscheint der Hochaltar, der fast die gesamte Chorwand einnimmt und von Engelsfiguren geziert wird. Unter der Studienkirche wurde ein Gewölbe gefunden, das womöglich eine frühzeitliche Gruft sein könnte.